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中国科学院武汉病毒研究所始建于1956年，是专业从事病毒学基础研究及相关技术创新的综合性研究机构，同时拥有中国唯一一个p4（生物安全最高等级）生物实验室，入选中国科学院知识创新工程，为湖北省暨武汉微生物学会和中国免疫学会青年工作委员会的挂靠单位。

中国科学院武汉病毒研究所针对人口健康、农业可持续发展和国家与公共安全的战略需求，依托高等级生物安全实验室团簇平台，重点开展病毒学、农业与环境微生物学及新兴生物技术等方面的基础和应用基础研究。

据2020年8月研究所官网显示，研究所设有5个研究中心，共设有34个研究学科组；在读研究生325人；在职职工268人；拥有2个博士后科研流动站，2个一级学科博士点，4个二级学科博士点（一级学科覆盖），2个一级学科硕士点，4个二级学科硕士点（一级学科覆盖），1个专业学位硕士点。

1956年，中国科学院武汉微生物研究室设立。

1961年11月，中国科学院武汉微生物研究室改名为中南微生物研究所。

1962年10月，中南微生物研究所改名为武汉微生物研究所。

1966年，中国科学院的地方分院撤消后归属湖北省领导。

1970年，改名为湖北微生物研究所。

1978年，科技大会前回归中国科学院，改名为中国科学院武汉病毒研究所。

2002年，进入中国科学院知识创新工程序列。

2003年，进行一三五规划。

2004年11月，经国家科技部批准立项建设病毒学国家重点实验室；实验室主管部门为国家教育部，依托单位为武汉大学和中国科学院武汉病毒研究所。

2012年1月，研究所中国病毒资源中心获得中国质量认证中心批准，获得了ISO9001：2008质量管理体系认证书、ISO14001：2004环境管理体系认证证书、GB/T28001-2001职业健康安全管理体系认证证书。 [7]  6月，中国科学院武汉病毒研究所郑店科研园区动物实验中心投入运行。

2012年，成立武汉病毒所公共技术服务中心，由分析测试中心、BSL-3实验室、实验动物中心、放射性同位素实验室、网络信息中心组成。

2014年，开展大科学中心率先行动计划。

2015年1月，中国首个生物安全防护等级最高的实验室——中国科学院武汉国家生物安全实验室（即武汉BSL-4实验室）建成。  12月，被评为湖北省文明单位。

2018年1月，武汉国家生物安全四级实验室（BSL-4实验室）通过国家验收。

2016年7月，武汉病毒所举行病毒学与生物安全综合实验研究基地奠基仪式。